PhD Martti Vasar

Ökoinformaatika teadur
martti.vasar [ ät ] ut.ee

J. Liivi tn. 2-306

Minu põhiliseks eesmärgiks antud töögrupis on aidata botaanikutel lahendada suuremahulisi analüüse, kasutades selleks klasterarvuteid ja koostades erinevaid töövooge analüüside kiiremaks läbiviimiseks. Üheks põhiliseks tööriistaks on BLAST algoritmi kasutamine erinevate taimejuurte ning organismide sekventside võrdlemiseks. Koostöös teiste töörühma töötajate abil oleme välja töötanud töövoo erinevate proovide sekventside töötlemiseks ja analüüsimiseks.

Lisaks sellel aitan taimeökoloogia töörühmal luua metaandmeid sisaldavat andmebaasi "EcoBank", mis hakkab endas hoidma üle maailma kogutud proovide sekventse ja sinna juurde kuuluvat täiendavat informatsiooni. Andmebaas on kavandatud selliselt, et sellele oleks võimalik luua paindliku otsingusüsteemi.

Doktoritöö raames arendasin töövoo analüüsimaks sekveneerimisplatvormi Illumina järjestusti ning kuidas need on võrreldavad sekveneerimisplatvormi 454 järjestustega. Minu doktoritööd juhendasid PhD Maarja Öpik ja Prof. J. Peter W. Young.

Valitud publikatsioone:

• Vasar M, Davison J, Neuenkamp L, Sepp S‐K, Young JPW, Moora M & Öpik M. (2021), User‐friendly bioinformatics pipeline gDAT (graphical downstream analysis tool) for analysing rDNA sequences. Molecular Ecology Resources. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13340
• Vasar, M.; Andreson, R.; Davison, J.; Jairus, T.; Moora, M.; Remm M.; Young, J. P. W.; Zobel, M. & Öpik, M. 2017. Increased sequencing depth does not increase captured diversity of arbuscular mycorrhizal fungi. Mycorrhiza doi: 10.1007/s00572-017-0791-y. ETIS
• García de León, D.; Moora, M.; Öpik, M.; Jairus, T.; Neuenkamp, L.; Vasar, M.; Bueno, C.G.; Gerz, M.; Davison, J. & Zobel, M. 2016. Dispersal of arbuscular mycorrhizal fungi and plants during succession. Acta Oecologica 77: 128-135. ETIS
• Thiery, O.; Vasar, M.; Jairus, T.; Davison, J.; Roux, C.; Kivistik, P.-A.; Metspalu, A.; Milani, L.; Saks, Ü.; Moora, M.; Zobel, M. & Öpik, M. 2016.Sequence variation in nuclear ribosomal small subunit, internal transcribed spacer and large subunit regions of Rhizophagus irregularis and Gigaspora margarita is high and isolate-dependent. Molecular Ecology 25: 2816-2832. ETIS

Arendatud programmid:

• SSU pipeline - tööriist, mis hõlmab erinevaid käsurea sisendeid, et analüüsida AM seeni 454 ja Illumina platvormide järjestustest
• gDAT pipeline - eelmise tööriista täiendatud versioon, millele on lisatud graafiline liides analüüsimaks AM seente järjestusi