Doktorant Martti Vasar uuris koos kaasautoritega kahe sekveneerimisplatvormi (454 ja Illumina) sarnasust. Võrdluseks kasutati MaarjAM andmebaasi ja BLAST+ tarkvara. Nüüdseks lõpetatud 454 platvormile tuli leida alternatiiv. Järjestuste toomine uuele platvormile tõstatas küsimuse, kui võrreldav on saadud järjestused eelneva platvormiga. Selleks kasutati 454 ja Illumina järjestusi, mis olid eraldatud 12 krohmseene proovist Järvselja metsast. 454 järjestused olid vähemalt 500+ aluspaari pikad, mis täitis huvi pakkuva SSU rRNA geenipiirkonna. Illumina puhul on tegemist lühemate paarisjärjestustega (eelnev põlvkond 2x250bp, nüüd 2x300bp), millel on kattuvus järjestuste lõpus. Illumina puhul kasutati tagmatsiooni, mis jaotas järjestused amplikoni peale suvaliselt, 454 järjestused hakkasid fikseeritud kohast. Illumina puhul oli tegu 100x toorjärjestuste hulga suurenemisega, samas haruldasi virtuaal taksoneid (VT – vaata MaarjAM andmebaasi) leiti vähem võrreldes 454 platvormiga. Kuigi suur osa Illumina järjestusi ei läbinud kvaliteedi filtreerimist, ei erinenud koosluse tulemused 454 omadest.

Vasar, M.; Andreson, R.; Davison, J.; Jairus, T.; Moora, M.; Remm M.; Young, J. P. W.; Zobel, M. & Öpik, M. 2017. Increased sequencing depth does not increase captured diversity of arbuscular mycorrhizal fungi. Mycorrhiza doi: 10.1007/s00572-017-0791-y.

Augustis Prahas toimunud ICOM9 läbivaks teemaks oli “Mükoriisa funktsioneerimine: metsikust loodusest megalinnadeni”. Meie töörühmast esinesid suulise või stendiettekandega Mari, Maarja, Guille, Inga, David, Lena, Maret ja Tanel ning Leho ja Petr mükoloogide töörühmast – tõepoolest rohkearvuline osavõtt Tartu Ülikoolist! Mari pidas plenaarettekande taimede mükoriissetest tunnustest biogeograafilisel skaalal. Maarja aga organiseeris koos Tom Brunsi ja John Tayloriga töötuba, mis käsitles krohmseente liigikontseptsiooni ja esines seal ettekandega krohmseente molekulaarsete taksonite kasutamisest ökoloogilistes uuringutes. Täname korraldajaid sisuka konverentsi eest! Vaata konverentsikajastust Twitterist.